分かりやすく言えば、同名で同じ能力を持つ別人と考えてください。
ヘクターを例にとると、１回目は剣レベル５で別れたとしてもそのままではありません。
次に仲間にする時には上で解説した法則に従って上昇しているはずです。
またレベル５０で別れたとしても５０のままではありません。
高レベルになってくると、次に仲間にしたとき以前鍛えた値より下がっていることが多いです。
逆に、例えば体術のレベルを上げていても本来ヘクターは体術の技能を持っていないので
次に仲間にしても０に戻ってます。