パーティーに加えているだけなら、全滅や年代ジャンプでいなくなっても全く影響ありません。
皇帝にしていた場合、そのキャラは以後ランダム継承（全滅ｏｒ年代ジャンプ後）の候補に挙がらなくなります。
それでもパーティーに加えることは出来ます。
つまり、クラスから誰もいなくなることはありません。